Síntesis: El área protegida de Xochimilco, San Gregorio Atlapulco y San Luis Tlaxialtemanco, es de los últimos reductos de los grandes lagos que ocupaban la cuenca del Valle de México en épocas prehispánicas. Actualmente la zona es amenazada por las diversas problemáticas de la megalópolis que la envuelve, pero a pesar de ello, la zona provee diversos servicios ambientales. De los problemas más importantes en la zona, es la del agua. La problemática del agua va desde la extracción descontrolada a los acuíferos provocando hundimientos del suelo por la disminución de los niveles freáticos en la zona, hasta la calidad y cantidad de ésta, con expresiones tales como contaminación derivada de actividades domésticas, manejo inadecuado del riego, falta de desazolve, rectificación, reapertura de bordes en canales, etc. La calidad de agua que actualmente llena los canales del área de Xochimilco, ha sido objeto de varios estudios, mas no así la zona de San Gregorio Atlapulco y San Luis Tlaxialtemanco con una mayor demanda de agua limpia por su gran producción agrícola. La zona de San Gregorio Atlapulco y San Luis Tlaxialtemanco, tienen una red de canales muy fragmentada, canales más pequeños y con flujos discontinuos. Esto se debe a que la zona tiene un hundimiento diferencial y pronunciado, obligando a los pobladores a manejar los canales para administrar del agua. Estas características hacen que la calidad de agua en la zona de San Gregorio Atlapulco y San Luis Tlaxialtemanco, sea mucho más heterogénea que la de la zona de Xochimilco, y lo intrincado de sus canales un freno para su estudio, de tal manera que no hay registro oficial sobre la contaminación del agua en los canales de ésta zona.
Es por ello que el estudio de la calidad del agua en la zona de San Gregorio Altlapulco y San Luis Tlaxialtemanco, aportará información valiosa tanto para los agricultores, como para autoridades e instituciones en la resolución de los problemas de agua de la zona. Sin embargo “calidad del agua” es un término ambiguo que depende en gran medida del uso final al que está destinada el agua. Es por ello que se han desarrollado los índices de calidad de agua. Aun así, se han desarrollado diversos índices de calidad de agua a lo largo de los años dependiendo de los puntos de vista y nuevos descubrimientos de los constituyentes del agua. Actualmente no existe un solo índice para describir la calidad del agua. Es por ello que la mejor representación de la calidad del agua se logra a través de distintos índices, por ejemplo los abióticos y los bióticos. En el presente proyecto se propone la utilización como índice abiótico-microbiológico, el Índice de Calidad de Agua de la Fundación Nacional de Saneamiento (NSF-WQI por sus siglas en inglés) ya que no reconoce ni incorpora funciones específicas del agua, como agua potable, agricultura, industria, etc. sino que se considera solo un descriptor de las condiciones del agua. Como índice biótico, se propone la utilización de zooplancton. El zooplancton tiene estrechos vínculos con el medio ambiente circundante y sus ciclos vitales que se traducen en cambios rápidos en sus poblaciones cuando se producen alteraciones. Por lo tanto, son especies indicadores potenciales para la contaminación del agua. Así, en la zona propuesta de estudio, se plantea el estudio de la calidad del agua y su posible relación con el manejo de los canales por los agricultores.