El ámbito estudiantil, es uno de los más dinámicos y complejos en la estructura universitaria, tiene una diversidad de variables que atender de manera articulada por diversas instancias de la Facultad y de la UNAM, lo que hace necesario un trabajo coordinado entre dichas instancias, que siguiendo la misión y propósitos de la Facultad de Ciencias colaboran para lograr la finalidad del mejoramiento permanente.

La Secretaría de Asuntos Estudiantiles (SAE) es una instancia académico-administrativa que depende de la Secretaría General de la Facultad de Ciencias de la UNAM, cuya función central es la atención al ámbito de los estudiantes de esta Facultad. La misión de la SAE es fomentar el mejoramiento permanente en la trayectoria escolar de los alumnos en formación, para lograr una mayor incidencia y trascendencia como egresados.

La SAE tiene como principio que los estudiantes son los actores que junto con el personal académico desarrollan el proceso de enseñanza –aprendizaje, núcleo en el que confluyen planes de estudio, líneas y proyectos de investigación, actividades de difusión y vinculación, que son actividades fundamentales de la UNAM; por ello, la Facultad de Ciencias establece una Secretaría dedicada a la atención de los asuntos estudiantiles con un enfoque integral, en el que se analizan aspectos académicos, de servicios, de las condiciones de trabajo y desarrollo para los alumnos.