Contamos con líneas de investigación con enfoques que van desde estudios desde un enfoque del individuo (como Fitoquímica, Ecofisiología y Ecotoxicología, Neurofisiología y Neuroendocrinología), las poblaciones (Ecología Evolutiva y Demografía Animal, Ecología de Poblaciones y Ecología de Ambientes limitantes), las comunidades (Ecología, Diversidad y Conservación de Comunidades Vegetales), hasta los ecosistemas (Ecología del Suelo, Interacciones y Procesos Ecológicos). Para ello trabajamos en diferentes ambientes terrestres, acuáticos y el suelo, favoreciendo la creación de proyectos interdisciplinarios.
Tenemos grupos de investigación interesados en la generación de conocimiento científico sobre las características, uso y vulnerabilidad de los recursos y sistemas costeros. Nos interesa diseñar y proponer estrategias de manejo que aseguren su aprovechamiento sustentable, conservación, protección y restauración con un enfoque integral. Desarrollamos líneas de investigación multi e interdisciplinarias para incidir en el ámbito regional, nacional e internacional sobre la problemática de la zona costera y sus posibles soluciones.
Algunos de nuestros grupos de investigación tienen un fuerte componente social, por lo cual trabajamos estrechamente con actores sociales locales en temas sobre restauración y análisis ambiental. Varios de nuestros investigadores trabajan muy de cerca con autoridades gubernamentales en el diseño de políticas ambientales.