En el laboratorio de Protozoología se realizan actividades de investigación encaminadas a formar profesionistas en el ámbito protistológico, difundir los resultados en diversos foros, participar en la docencia y establecer convenios con diversas entidades educativas y gubernamentales.

El estudio de los protistas abarca aspectos donde resalta la importancia de los diversos taxa desde la perspectiva ecológica al ser componentes importantes en la cadena trófica en los ecosistemas, por su papel como indicadores de contaminación y como simbiontes de animales y plantas. En el aspecto de la biodiversidad, en varias regiones del país no se cuenta con este tipo de datos, por lo que se ha impulsado contribuir en su conocimiento.

En el aspecto taxonómico, el número de especies que han sido descritas y registradas en México es relativamente bajo comparado con otras regiones del mundo, por lo que en el laboratorio ha sido fundamental contribuir en este aspecto, utilizando una serie de técnicas micrográficas (de tinción e impregnación) que sustentan la identidad específica.

Desde el punto de vista de las asociaciones simbióticas, se ha fortalecido el estudio de algunos protistas con el objetivo de plantear estrategias encaminadas a inferir posibles soluciones de la presencia de los simbiontes en condiciones de acuacultura, en sistemas acuáticos lóticos y lénticos y sistemas terrestres.

Recientemente se inició el enfoque filogenético y de genética de poblaciones de algunos protistas de México, particularmente en los ciliados, considerando algunos marcadores moleculares.