Síntesis: El propósito de este proyecto es proponer una hipótesis evolutiva, biogeográfica y filogenética del género Euphonia (Desmarest, 1806) (Aves: Fringillidae) utilizando genes mitocondriales y nucleares. A partir de la hipótesis filogenética obtenida con los datos genéticos, se analizará la evolución de los patrones de coloración del género Euphonia. La historia evolutiva del género será complementada con dos estudios de caso de las especies Euphonia affinis y E. hirundinacea, en donde de forma adicional a los datos moleculares, se complementará la historia evolutiva de las poblaciones de dichas especies con datos de morfología, coloración y distribución potencial. Finalmente se hará una propuesta taxonómica para todo el género. El género Euphonia está conformado por 27 especies de aves anteriormente clasificadas en la familia Thraupidae y actualmente se les ubica dentro de la familia Fringillidae (Hellmayr 1936, Zimmer 1943, Pinto 1944, Phelps y Phelps 1950, Meyer de Schausensee 1966 en AOU 2015, AOU 2003). El género Euphonia se encuentra cercanamente relacionada con el género Chlophonia y juntos conforman la subfamilia Euphoninae dicho arreglo se llevó a cabo con evidencia de datos multilocus. Ambos géneros tienen una distribución Neotropicales (AOU 2003) y comparten varios aspectos biológicos como el canto, la dieta y la biología de anidación (AOU 2015). Dentro de Euphoninae las relaciones filogenéticas no son claras, sin embargo, con base en algunos estudios y propuestas taxonómicas se pueden formular tres probables hipótesis de relaciones filogenéticas las cuales pueden derivar en una hipótesis taxonómica:

1. Euphonia y Chlorophonia conforman un solo género (Zuccon et al. 2012).
2. Dos géneros recíprocamente monofiléticos (AOU 2016) 3) La tercera hipótesis basada en el IOC (2015) en donde retoman la clasificación de Bonaparte (1851 tipo musica) y proponen que Euphoninae está conformada por tres géneros: Chlorophonia, Cyanophonia y Euphonia. Chlorophonia compuesto con cinco especies: C. cyanea, C. pyrrhophrys, C. flavirostris, C. occipitalis y C. callophrys; Cyanophonia que incluiría a las tres eufonias de capucha azul: E. musica, E. elegantissima y E. cyanocephala; y Euphonia que incluiría a las 24 especies restantes del género Euphonia. Aunque existen algunos trabajos que abordan estos temas y establecen algunas relaciones de cercanía filogenética (AOU 1998, Hilty 2011 y Zuccon et al. 2012), éstos incluyen pocas especies por lo que establecer una hipótesis acerca de la evolución del género Euphonia incluyendo el mayor número de especies posibles, así como también a las especies que conforman al género Chlorophonia, es decir los miembros de la subfamilia Euphoninae proveería un marco de referencia confiable acerca de su clasificación. Por lo tanto, dentro de los objetivos de este proyecto es proponer una hipótesis sobre la evolución del género Euphonia utilizando datos moleculares (secuencias de genes mitocondriales y nucleares), identificar dentro de E. affinis y E. hirundinacea diferentes linajes evolutivos y validarlos para proponer una clasificación actualizada, tanto del género como de éstos dos complejos de especies.