Resguardar, catalogar y facilitar el acceso al acervo de macromicetos depositado en el Fungario FCME, con el propósito de sustentar investigaciones científicas, apoyar la docencia especializada y fomentar la divulgación del conocimiento micológico. A través del desarrollo de estudios taxonómicos, filogenéticos y ecológicos, el fungario contribuye a la comprensión y valoración de la funga mexicana, al tiempo que forma parte activa en la preparación de nuevas generaciones de especialistas comprometidos con el estudio y la conservación del Reino Fungi. 

Consolidarse como una colección de referencia a nivel nacional e internacional en el estudio y conservación de la diversidad fúngica, reconocida por la calidad de su acervo, la solidez de sus líneas de investigación y su papel en la formación académica en micología. Como las esporas que, al dispersarse, germinan y transforman el entorno, el Fungario FCME aspira a ser semillero de conocimiento que trascienda fronteras, nutriendo una comunidad científica diversa y comprometida con el patrimonio natural de México.